수학자들 뭉쳐 암재발 해결…생물학적 난제 풀어
수학자들이 생물학 난제를 수학적 모델로 해결했다. 이를 이용하면, 암재발도 제어할 수 있을 전망이다. 기초과학연구원(IBS)은 의생명 수학 그룹 김재경 CI(KAIST 수리과학과 교수)와 POSTECH 수학과 김진수 교수, KAIST 공학생물학대학원 조병관 교수 공동연구팀이 수학적 모델링을 통해 세포 내부에서 발생하는 생물학적 잡음을 제거하고 세포의 운명을 정밀하게 제어할 수 있는 '잡음 제어 원리'를 이론적으로 확립했다고 29일 밝혔다. IBS 측은 이번 이론 확립으로 단일 세포 정밀 제어 뿐만 아니라, 향후 암 치료 및 합성생물학 분야 난제를 해결할 새로운 이정표가 될 것으로 기대했다. 연구의 시작은 암 치료가 성공적으로 끝났는데도 재발하거나, 강력한 항생제를 써도 일부 세균이 살아남는 이유에서 비롯됐다. 이 같은 핵심 원인 중 하나가 세포 내부에서 무작위로 발생하는 '생물학적 잡음(Biological Noise)'이 지목됐다. 유전자가 같은 세포라도 단백질 양이 저마다 달라 약물 치료를 피해 살아남는 '아웃라이어(Outlier, 튀는 세포)'가 생겨나기 때문. 그간 과학자들은 세포 집단 평균값만 조절할 수 있었을 뿐, 개별 세포에서 일어나는 불규칙한 변동성을 제어하는 일은 오랜 숙제였다. 기존 유전자 회로 기술은 세포 집단의 평균 단백질 양은 맞출 수 있었으나, 개별 세포 간 편차인 잡음은 오히려 증폭시키는 한계가 있었다는 것이다. 연구팀은 이를 '냉온탕을 오가는 샤워기'에 비유했다. 샤워기 물 온도를 평균 40도에 맞췄더라도, 펄펄 끓는 물과 얼음물이 번갈아 나온다면 정상적인 샤워가 불가능한 것과 같다는 것이다. 즉 '평균의 함정'에 빠져 통제를 벗어난 소수 세포들이 암 재발이나 항생제 내성을 일으키는 주범이 된다. 연구팀은 이 문제 해결을 위해 '잡음 제어기(Noise Controller, NC)'라는 새로운 수학적 모델을 고안했다. 먼저 시스템 최종산출물이 서로 결합해 짝을 이루는 '이합체(dimer) 반응'을 이용해 세포마다 달라지는 산출물 분산을 조절할 수 있을지를 검토했다. 그 과정에서 이합체 반응이 세포 상태 흔들림, 즉 잡음을 감지하는 센서 역할을 할 수 있음을 확인했다. 하지만 초기 시도에서는 이 방법만으로 세포 간 차이를 줄이는 데 한계가 있었다. 이에 따라 특정 물질이 필요 이상으로 많이 만들어질 경우 이를 바로 줄여주는 장치가 함께 필요하다고 판단했고, 단백질이 과도하게 많아지면 즉각적으로 분해하는 '분해 기반 작동(degradation-based actuation)' 원리를 결합했다. 그 결과, 외부 환경 변화에도 세포 내 잡음 수준을 일정하게 유지하는 '잡음 견고 완전 적응(Noise RPA)'을 이론적으로 구현해냈다. 이를 통해 세포 간 편차를 보편적인 생물학적 시스템이 도달할 수 있는 최소 수준 파노인자(Fano factor)를 1인 수준까지 억제하는 데 성공했다. 연구팀은 이 모델을 대장균 DNA 복구 시스템에 가상으로 적용해 성능도 입증했다. 기존 시스템에서는 DNA 손상을 복구하는 단백질의 양이 세포마다 크게 달라 약 20% 세포가 복구에 실패해 사멸했다. 하지만, 잡음 제어기(NC)를 적용해 모든 세포 단백질 양을 균일하게 조절하자 사멸률을 7%까지 낮출 수 있었다. 정교한 수학적 원리만으로 세포 생존율을 획기적으로 끌어올린 것이다. 이는 기존의'평균 제어' 패러다임을 넘어, 개별 세포 하나하나를 정밀하게 다루는 '단일 세포 제어'를 실현했다는 점에서 의미가 크다. 연구를 이끈 김재경 CI는 "생명 현상에서 운이나 우연으로 치부되던 세포 간 잡음을 수학적 설계를 통해 제어 가능한 영역으로 가져왔다는 데 의의가 있다”며, "앞으로 암 치료 내성 극복, 고효율 스마트 미생물 개발 등 정밀한 세포 제어가 필수적인 분야에서 핵심적인 역할을 할 것”이라고 밝혔다. 공동 교신저자인 김진수 POSTECH 교수는 "반응 네트워크 이론을 이용한 세포 내 잡음의 이론적 수식에서 출발해 실제 생물학적 기전을 설계했다는 점에서, 수학 모형의 힘을 잘 보여주는 연구”라고 강조했다. 연구 결과는 국제학술지 '네이처 커뮤니케이션스(Nature Communications, IF=15.7)'에 최근 실렸다.
